Konkret schlägt die Stiftung Klimaneutralität den Abbau steuerlicher Privilegien für tierische Produkte vor: Für diese solle künftig die volle Umsatzsteuer von 19% gelten. Die noch immer hohen Stickstoffüberschüsse sollen unter anderem durch die Einführung einer Stickstoffsteuer verringert werden. Die neue Stickstoffsteuer solle beim Handel als mengenbezogene Verbrauchssteuer auf den Stickstoffgehalt mineralischer Dünger erhoben werden und zunächst 0,50 EUR pro Kilo Stickstoff betragen. Das Aufkommen beider Maßnahmen solle zur Unterstützung eines klimagerechten Umbaus an die Landwirtschaft zurückfließen.

Darüber hinaus hält die Stiftung Klimaneutralität eine Nährstoffbilanzierung pro Einzelbetrieb („Hoftorbilanz“) für geboten, um Bilanzüberschüsse zu begrenzen. Es sollen Stickstoff-Salden festgelegt und ein Datenzugang der Landwirtschaftsämter zu den relevanten Stoffströmen gewährleistet werden.

Die Stiftung Klimaneutralität dringt auf die Entwicklung einer Moorschutzstrategie, mit dem Ziel einer weitgehenden Wiedervernässung bis 2045 und einer klimaschonenden wirtschaftlichen Nutzung der wiedervernässten Flächen.  Dabei setzt die Stiftung Klimaneutralität zu Beginn auf positive Anreize und Freiwilligkeit, hält mittel- und langfristig jedoch eine höhere Verbindlichkeit beim Moorschutz für erforderlich, etwa durch Emissionsbepreisung.